Kanon, Key tarafından geliştirilen ve yedi yıl önce en son ziyaret ettiği bir şehre dönen bir lise öğrencisi olan Yuichi Aizawa'nın hayatını takip eden bir Japon görsel romanıdır, ve o zamandan beri olayları çok az hatırlıyor.
Birkaç kızla tanışır ve yavaş yavaş kayıp anılarını geri kazanır.
Yuichi Aizawa, hikayenin Kanon'un başlangıcından yedi yıl önce gerçekleştiği şehri ziyaret eden ikinci sınıf bir lise öğrencisidir.
Hikâye, 6 Ocak 1999 Çarşamba günü Yuichi'nin şehre gelmesi ve ondan ve sakinlerinden çok kopuk olmasıyla açılır.
Dönmeden önce, ilk kuzeni Nayuki Minase ve annesi Akiko ile birlikte kalmasına karar verilir.
Uzun süre yokluğundan sonra Yuichi, yedi yıl önce olanların küçük detayları dışında neredeyse her şeyi unutmuştur ve geride bıraktıklarını hatırlatması gerekir.
Nayuki başlangıçta defalarca hafızasını zorlamaya çalışır, ancak başarısız olur.
Hikaye boyunca, şehrin doğaüstü alt tonlarını öğrenirken, Yuichi yedi yıl önceki olayları hatırlatır.